科摩罗大学孔子学院的前身是科摩罗大学孔子课堂。科摩罗大学孔子课堂于2012年12月签约成立，2014年7月正式揭牌运营，并于2016年在科摩罗大学申请成立中文专业。2018年，科摩罗大学孔子课堂升格为科摩罗大学孔子学院。孔院在大科摩罗岛和昂儒昂岛设有两个教学点，现有专用教学场地800平方米，各类中文图书400余册，并设有中文系教学班、大学法语必修班、师范专业选修班、ENFAG宪兵部队班、GSFA中学教学班、瓦尼中学教学班、社会班等36个中文教学班，总计超过750名学员。此外，孔院在科摩罗国家电视台开设“跟我学汉语”节目，受到广大中文爱好者的欢迎。近年来，孔院根据学员特点不断丰富课程体系，课程涵盖精读、口语、听力、阅读、书写、历史与文化、实践汉语、商务汉语等内容，旨在夯实学员的中文基础，提升他们的听说读写能力。教学所用教材包括《HSK标准教程》《新实用汉语课本（法文版）》《汉语教程》《汉语会话301句》《商务汉语》《跟我学汉语（法文版）》等。孔院还不断提升教师教学能力，扩大招生范围，并加强HSK考试辅导，当地的HSK考试报考人数持续增加，考试优秀率和通过率不断攀升，帮助了一批批优秀学子获得赴华留学奖学金资格。与此同时，孔院还设有丰富多彩的中国文化课程，包括中国民族舞蹈、中国音乐、中国画、剪纸、书法、太极扇、舞龙舞狮、葫芦丝、少林武术等内容，并定期举办各类文化活动——国际中文日、孔子学院日、春节联欢等系列活动。孔院教师在业余时间指导学员组建了中国民族舞蹈队、太极扇队、大中学生中文演唱团、葫芦丝表演队、舞龙舞狮队、中国传统服装模特队等，让学员在各个文化活动中学习理解并精彩演绎中国文化，帮助中科两国民众更加了解彼此文化的特色和差异，增进了两国人民之间的友谊。